Das oberste Entscheidungsgremium des Glacier Express bildet das LOG (Leitorgan Glacier Express). Dieses Gremium setzt sich wie folgt zusammen:
- Vorsitzender der Geschäftsleitung MGBahn und RhB
- Leiter Finanzen und Leiter Marketing MGBahn und RhB
- Produktmanager Glacier Express MGBahn und RhB
Diese entscheiden über sämtliche strategischen und operativen Massnahmen des Produktes Glacier Express. Das LOG tagt rund viermal im Jahr.
Die Leitung des Produkt Glacier Express obliegt den beiden Produktmanager Glacier Express. Jede Bahn MGBahn und RhB stellen je einen Produktmanager.